Il est ordonné prêtre le 20 septembre 1969 par Mgr Maziers, archevêque de Bordeaux. Il est vicaire à la paroisse Sainte-Eulalie à Bordeaux (1970-1973). Il entre au service diplomatique du Saint-Siège en 1975, où il est successivement : Secrétaire à la Nonciature apostolique en République Dominicaine (1975-1979), Auditeur à la Nonciature apostolique au Liban (1979-1983), Conseiller de Nonciature auprès du Conseil pour les affaires publiques de l’Eglise (1983-1988), Sous-secrétaire du Conseil pour les affaires publiques de l’Eglise (1988-1990).
Mgr Jean-Louis Tauran est nommé Secrétaire pour les Relations du Saint-Siège avec les Etats, en remplacement de Mgr Sodano, le 1er décembre 1990. Nommé archevêque titulaire de Telepte, il est ordonné le 6 janvier 1991.