Formé aux grands séminaires d’Albi et d’Issy-les-Moulineaux, il est ordonné prêtre le 22 avril 1956 pour le diocèse d’Albi. Il est successivement vicaire à Saint-Sauveur de Mazamet, aumônier du lycée La Pérouse à Albi (1962), aumônier de la paroisse universitaire et responsable de l’aumônerie de l’Enseignement public, aumônier des étudiants à Toulouse (1967-1970), curé-doyen de Brassac (1971-1974) et Secrétaire général du Conseil presbytéral d’Albi (1973-1974).
Mgr Bernard Panafieu est nommé évêque le 18 avril 1974, ordonné évêque le 9 juin 1974. Il est évêque auxiliaire de Mgr Jean Sauvage, évêque d’Annecy (1974-1978), puis archevêque d’Aix-en-Provence (1978-1994), archevêque coadjuteur de Marseille (1994). Il est archevêque de Marseille depuis 1995.
Mgr Bernard Panafieu est membre du Conseil pontifical pour le dialogue interreligieux,
Président du Comité épiscopal des relations interreligieuses et des nouveaux courants religieux, Président du Secrétariat pour les relations avec l’Islam et membre de la Commission épiscopale de la mission universelle de l’Eglise.
Mgr Bernard Panafieu a été, notamment, membre du Conseil permanent de la Conférence des évêques de France de 1980 à 1986 et membre du Comité de la Mission de France.
Il a présidé la Commission épiscopale du monde scolaire et universitaire de 1986 à 1992.