On sait les questions délicates que Mgr Mennini devra affronter avec l’expulsion du territoire de la Fédération de prêtres catholiques et d’un évêque, Mgr Mazur.
Depuis février dernier, date de la transformation des Administrations apostoliques catholiques de Russie en diocèses, les relations sont en outre tendues avec le Synode orthodoxe et avec le patriarche Alexis II qui a vu dans ce geste une expression du « prosélytisme » catholique en territoire russe, et par conséquent, pour le patriarche, territoire orthodoxe.