Mgr Huonder est né à Trun en 1942. Il a étudié à Maria Einsiedeln, puis à Fribourg.
Il a été ordonné prêtre en 1971 pour le diocèse de Coire. Il a ensuite poursuivi ses études à Fribourg où il a obtenu un doctorat en théologie.
De 1975 à 1976 il a enseigné l’Ancuien Testament et une introduction au Judaïsme; de 1976 à 1981 il a été curé à Kilchberg; de 1981 à 1986, il a été vicaire paroissial à Sachseln; de 1986 à 1987, il a été curé à Egg. En 1989 il a obtenu une habilitation en liturgie à Fribourg.
En 1990, il a été nommé chanoine de la cathédrale et vicaire général à Coire et depuis 1995, il était vicaire épiscopal pour les questions liturgiques et linguistiques régionales.