Après deux jours en Egypte, vendredi 28 et samedi 29 avril, le pape François a voulu prier de nouveau pour le pays, ce 30 avril 2017, avant la prière mariale du dimanche, le Regina Caeli du temps de Pâques, place Saint-Pierre, en disant : « Ensemble, nous nous adressons à Marie notre Mère. Nous la remercions en particulier pour le voyage apostolique en Egypte, que je viens de faire. Je demande au Seigneur de bénir tout le peuple Egyptien, si accueillant, les autorités et les fidèles chrétiens et musulmans. Et qu’il donne la paix à ce pays. »
Au cours de son voyage, le pape a rencontré deux fois le président Al-Sissi, au palais présidentiel, et à son départ, à l’aéroport. Il a aussi rencontré les autorités et le Corps diplomatique (800 personnes), il a participé à la conférence interreligieuse pour la paix à l’université Al-Azhar, et il a prié avec les chrétiens de différentes confessions au siège du patriarcat copte orthodoxe, aux côtés du pape Tawadros II, et du patriarche œcuménique de Constantinople, Bartholomée Ier. Tawadros II et le pape ont signé une déclaration pour en finir notamment avec le double baptême. Ensemble, ils ont ensuite rendu hommage aux martyrs du 11 décembre 2016. A son retour à la nonciature du Caire, après dîner, le pape a rencontré quelque 300 jeunes de tout le pays.
Le lendemain, le pape François rencontré des enfants des écoles des sœurs comboniennes, toujours à la nonciature, au bord du Nil. Il a ensuite présidé la messe pour tous les catholiques au stade militaire du Caire (d’une capacité de 25 000 places), avant de déjeuner avec les patriarches et les évêques d’Egypte, à la nonciature.
Dans l’après-midi, au cours d’une liturgie de la Parole, il a béni les soutanes de trois nouveaux séminaristes qui l’ont revêtue. Il a adressé un message au clergé et aux consacrés d’Egypte, avant de repartir à l’aéroport.
